Komparatívna a funkčná analýza genómov nekonvenčných druhov kvasiniek (projekt APVV)

V tomto spoločnom projekte Prírodovedeckej fakulty UK a FMFI UK sa venujeme analýze genómov nekonvenčných druhov kvasiniek. Venujeme sa štúdiu základných princípov fungovania eukaryotických buniek, kde kvasinky hrajú kľúčový význam ako modelové organizmy. Spoločný projekt tiež prispeje k vývoju nových metód bioinformatickej analýzy genómov.

08. 11. 2015 09.30 hod.
Od: Tomáš Vinař

Zodpovedný riešiteľ (PriF UK): prof. RNDr. Jozef Nosek, DrSc.
Zodpovedný riešiteľ (FMFI UK): Mgr. Tomáš Vinař, PhD.
Výskumné skupiny: Laboratórium funkčnej a komparatívnej genomiky Eukaryotických organel (PriF UK), Laboratórium výpočtovej biológie (FMFI UK)
Financovanie projektu: Agentúra pre vedu a výskum, APVV-14-0253
Obdobie riešenia: 2015-2018

Kompletné sekvencie genómov predstavujú bezprecedentný zdroj informácií pre moderný biomedicínsky výskum a biotechnológie. Rýchly rozvoj technológií sekvenovania novej generácie (NGS, next generation sequencing) sprevádzaný exponenciálnym nárastom získaných sekvenčných dát vytvára excelentnú platformu pre komparatívnu a funkčnú analýzu genómov s cieľom odhaliť funkcie jednotlivých génov a ich vzájomných interakcií v rámci komplexných regulačných sietí. Dôvody takéhoto prístupu sú akademické (odhalenie a spoznanie molekulárnej podstaty zaujímavých biologických fenoménov), biotechnologické (identifikácia priemyselne zaujímavých produktov génov a ich následná komercionalizácia) a medicínske (identifikácia diagnostických alebo terapeutických cieľov).

V predloženom projekte plánujeme analyzovať genómy nekonvenčných druhov kvasiniek. Kvasinky majú kľúčový význam v modernom biologickom výskume, pretože veľká časť našich poznatkov o základných funkciách eukaryotických buniek (napr. princípy bunkového metabolizmu, bioenergetiky, biogenézy organel, bunkového cyklu, cytokinézy a organizácie genómu) pochádza práve zo štúdií modelových kvasinkových mikroorganizmov. Biologická diverzita, kompaktné genómy a jednoduchá experimentálna manipulácia robia z kvasiniek excelentné modelové organizmy pre analýzy prístupmi komparatívnej a funkčnej genomiky.

Projekt zahŕňa nasledovné ciele:

Stanovenie sekvencií genómov kvasiniek rodu Magnusiomyces.
Bioinformatická analýza dát a vývoj nových bioinformatických metód.
Komparatívna a funkčná analýza genómov magnusiomycét.

Naplnenie týchto cieľov prispeje jednak k objasneniu fungovania základných biologických funkcií v eukaryotických bunkách a taktiež pomôže rozvoju metodológie sekvenovania a bioinformatickej analýzy genómov v podmienkach malých laboratórií.